SQLServer にCMDでクエリ実行

sqlcmd -U [username] -P [password] -i [入力ファイル]

ちなみに

sqlcmd -U [username] -P [password] -Q "[SQL]"

でクエリを実行出来る

▽ [参考]sqlcmd ユーティリティ
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms162773.aspx